在实际申报工作中，以下四种情形不能按零申报处理。

1.享受小规模纳税人免征增值税优惠政策的情形不能按零申报处理

小规模纳税人发生销售收入

但月销售额未超过10万元(以1个季度为1个纳税期的，季度销售额未超过30万元，下同)的，享受免征增值税优惠政策。但不能按零申报处理。

小规模纳税人发生增值税应税销售行为

应填写《增值税及附加税费申报表(小规模纳税人适用)》。当合计月销售额≤10万元(或季度销售额≤30万元) 时，未开具增值税专用发票，应当填写在申报表“小微企业免税销售额”或“未达起征点销售额”相关栏次。

2.一般纳税人当期无销售收入，但有进项税额并已勾选抵扣，不能按零申报处理

一般纳税人经营当期没有销售收入但取得了增值税进项税额且已经做了勾选抵扣处理，如果增值税申报表全部栏次按0填报，可能会导致已经勾选的进项税额无法用于抵扣税款。

正确处理方式是:在申报表对应的销售额填写“0”，并把当期已认证的进项税额填入申报表，从而产生期末留抵税额在下期进行抵扣。

3.预缴税款并开具发票不能按零申报处理

若企业在异地预缴增值税(如异地提供建筑服务预缴税款)，并自行开具了增值税发票，不可以进行零申报处理，需在相关栏次填写销售收入和税额，申报系统会自动对企业已经预缴的税款进行冲减，不能简单零申报。

4.企业享受免税政策，零税款但不能按零申报处理

企业符合相关增值税免税优惠政策，在享受优惠政策的同时应向税务机关如实申报。

正确处理方式是:在增值税纳税申报表中如实填写享受免税优惠的金额并按规定填写增值税减免税明细表。